Die Aufweitung Sense in Oberflamatt ist ein gemeinsames Projekt der beiden Gemeinden Wünnewil-Flamatt FR und Neuenegg BE. Das Projekt sieht zwei Aufweitungen vor, welche sich beide auf der Seite Wünnewil-Flamatt befinden. In diesen zwei Abschnitten soll die Sense wieder ein dynamisches Flussbett erhalten. Dazu gehören Strukturen im Gewässer wie Kiesbänke, Tief- und Flachwasserzonen. So entstehen neue Lebensräume für zahlreiche Tiere und Pflanzen. Die Aufweitungen werden lokal initialisiert und sollen sich eigendynamisch weiterentwickeln. Auf der Seite Neuenegg steht der Schutz des Campings und der bestehenden Abwasserleitung des ARA-Verbands Sensetal vor Hochwasser im Vordergrund. In den letzten Jahren waren Gebiete entlang der Sense wiederholt von Hochwasserereignissen betroffen. Dabei zeigte sich, dass die teilweise alten Uferverbauungen nicht mehr genügend Schutz bieten. Das Projekt soll auch Verbesserungen für die Naherholung mit sich bringen. Die zahlreichen Besucherinnen und Besucher, die bereits heute an die Sense kommen, sollen vom neugestalteten, attraktiven Flussabschnitt profitieren können. 

Am Bach Bibera in Gempenach existiert ein ursprüngliches Mühlewehr, welches heute als Speisung für ein Kleinwasserkraftwerk genutzt wird. Auf diese Stromnutzung wird zukünftig verzichtet, womit das Wehr komplett rückgebaut werden kann, um die Passierbarkeit für Fische wieder zu ermöglichen. Im Rahmen des erarbeiteten Vorprojekts wurden sieben Möglichkeiten zur Wiederherstellung der Fischgängigkeit geprüft. Das Planungsteam, welches aus dem Besitzer des Mühlewehrs, Vertreter des Wasserbauunternehmens Bibera "Mittlerer Abschnitt", der Sektion Gewässer des kantonalen Amts für Umwelt sowie dem Fischereiverwalter vom Amt für Wald, Wild und Fischerei bestand, entschied sich einstimmig dafür, das Sohlengefälle der Bibera im Bereich des abzubrechenden Wehrs so anzupassen, dass es dem übergeordneten Längsgefälle des Bachs entspricht. Um die notwendige Wassertiefe für die für die Fischwanderung massgebende Seeforelle zu erhalten, wird eine akzentuierte Niederwasserrinne erstellt. Im Sinne eines kombinierten Projekts (Wiederherstellung Fischgängigkeit und Hochwasserschutz ) sollen gleichzeitig zwei flankierende Massnahmen ergriffen werden, um mittels moderater Gerinneverbreiterung und einem rückwärtigen Damm die angrenzenden Liegenschaften besser vor Hochwasser zu schützen. 

Obwohl die aargauische Pfaffnern einen recht naturnahen Charakter aufweist, fehlen dem wichtigen regionalen Fischgewässer die in Trockenzeiten überlebenswichtigen Tiefwasserzonen (Kolke) fast gänzlich. In mehreren Gewässerabschnitten zwischen Vordemwald und Rothrist soll die Bachsohle der Pfaffnern daher mit Instream-Strukturen ökologisch aufgewertet und für den Klimawandel "fit" gemacht werden. Aufgrund der hochwasserschutztechnischen Rahmenbedingungen werden alle Strukturtypen auf ihre hydraulische Tauglichkeit überprüft, wobei das Nachweisverfahren auf Wunsch des Auftraggebers einen exemplarischen Rahmen vorgeben soll für weitere Instream-Projekte mit ähnlichen Strukturtypen in ähnlichen Gewässern. Die Planung der Instream-Strukturen an der Pfaffnern umfasst Lenkbuhnen aus Baumstämmen und Holzpfählen, sowie Uferfaschinen und Wurzelstammroste und erfolgt unter folgenden Aspekten: als Initialmassnahmen zur Ausbildung von Tiefwasserzonen und zur Bildung eines geeigneten Niederwasserabflusses mit erhöhter Wassertiefe unter Berücksichtigung von einmündenden Seitengewässern (sauerstoffreiches Frischwasser), der direkten Anströmung wertvoller bestehender Strukturen, der Schaffung von Deckungsstrukturen und der Sanierung von Uferanrissen durch strukturreiche Böschungssicherungen.

Der Chaltenboden- / Risibach entspringt dem Chaltenbodenholz und fliesst als offenes Gerinne entlang eines geschützten Flachmoors. Unterhalb des Moors verschwand der Bach bis anhin in einer rund 500 m langen Bachleitung bis zur Mündung in den Aabach. Durch das Projekt kann der Chaltenboden - / Risibach künftig komplett ausgedolt und revitalisiert werden. Die Offenlegung schafft vielfältige, neue Lebensräume und trägt zur Vernetzung der bestehenden Naturwerte bei. Neben ökologischen und landwirtschaftlichen Aspekten trägt das Projekt auch dem Bodenschutz Rechnung. Der im Rahmen des Gerinnebaus anfallende, ackerbaulich wertvolle Boden wird im Zuge einer Bodenverbesserung vor Ort wiederverwendet. Um den durch die Offenlegung geschaffenen Kulturlandverlust auszugleichen, gab es einen Landabtausch zwischen den betroffenen Grundeigentümern. Dadurch konnte die Linienführung des künftigen Bachlaufs optimiert und die Bachöffnung an den Ort des ursprünglichen Bachlaufes des Chaltenboden- / Risibachs gelegt werden. Im Rahmen der Bauprojektierung waren Nachweise für die Gewährleistung des Moorschutzes, ökologische und hydraulische Optimierungen, sowie Details zur Sohlensicherung (Gefälle bis 30%) zur Fischgängigkeit und Gewässerraumfestsetzung zu erarbeiten. Obwohl kein Hochwasserschutzdefizit vorliegt, kann das Projekt die Abflusssituation oberhalb der Mugerenstrasse verbessern.

Die Surb wird auf dem Gemeindegebiet von Oberweningen revitalisiert. Das Projekt schafft vielfältige, neue Lebensräume, trägt wesentlich zur Vernetzung der bestehenden Naturwerte bei und steigert auch den Erholungsnutzen. Im Abschnitt oberhalb der Bahnlinie, in der Revitalisierungsplanung des Kantons Zürich als Gewässerabschnitt 1. Priorität ausgeschieden, wird das kanalisierte Gerinne der Surb wieder weitestgehend in ein naturnah pendelndes und hinsichtlich der Niederwassersituation optimiertes Gerinne überführt. Neben ökologischen, landwirtschaftlichen und bodenschützerischen Aspekten trägt das Projekt auch dem Grundwasserschutz Rechnung: im mittleren Abschnitt liegt die Surb im Bereich einer Grundwasserschutzzone, wo bauliche Eingriffe im Untergrund auf ein Minimum beschränkt werden müssen, weshalb das Gerinne hier mit Instream-Strukturen aufgewertet wird. Im obersten Abschnitt wurde das Projekt in Koordination mit dem Ausbauprojekt des ansässigen Gärtnereibetriebs entwickelt. Ausserdem konnten zusätzlich zum Revitalisierungsprojekt im Abschnitt unterhalb der Bahnlinie weitere ökologische Verbesserungen im Rahmen des Gewässerunterhalts geplant werden. 

Der Unterlauf des Dorfbachs weist grosse ökologische Defizite auf. Er verläuft auf rund 2 km Länge eingedolt bzw. kanalisiert. Gemäss der kantonalen Revitalisierungsplanung soll der Dorfbach in den nächsten Jahren ökologisch aufgewertet werden. Mittels einer ersten Machbarkeitsprüfung wurden verschiedene Massnahmen und Umgestaltungen geprüft, die jeweils auch den Anforderungen des Hochwasserschutzes genügen müssen. Der Variantenfächer umfasst Massnahmen, die auf die Verbesserung der Längsvernetzung einerseits und auf die Schaffung von neuen Habitaten andererseits abzielen. Betrachtet werden neben "Instream"-Massnahmen auch eine umfassende Revitalisierung mit zusätzlichem Raumbedarf.

Mit dem Projekt wird zur Förderung von Lebensräumen für gefährdete Amphibien beigetragen. Speziell im Fokus steht die stark gefährdete Kreuzkröte. Sie ist auf temporäre Wasserflächen angewiesen, welche ihr als Laichgewässer dienen. Ungestörte Laichgewässer sind wichtig, um ihren Fortbestand und eine weitere Ausbreitung zu unterstützen. Das Projekt umfasst die Erstellung einer temporär einstaubaren Flutmulde in einem Wiesenstreifen in der Gemeinde Meikirch. Die Mulde wurde abgedichtet und mit einem Ablassschacht inkl. Anschluss an das bestehende Drainageleitungsnetz ergänzt. Zusätzlich wurde der Einlaufschacht für die Bewässerung angepasst. Somit kann jährlich während der Laichzeit Wasser eingestaut und anschliessend wieder abgelassen werden. Im nicht gefluteten Zustand kann die Mulde weiter als Wiese/Weide bewirtschaftet werden. 

Mit dem Projekt wird zur Förderung von Lebensräumen für gefährdete Amphibien beigetragen. Speziell im Fokus steht die stark gefährdete und seltene Geburtshelferkröte. Sie ist auf temporär wasserführende Tümpel und Kleingewässer angewiesen, um sich fortpflanzen zu können. Wichtig sind dabei auch geeignete Landlebensräume in unmittelbarer Nähe zum Gewässer. Das Projekt umfasst die Erstellung bzw. die Wiederherstellung eines Teichs im Naturschutzgebiet Leehubelgrube. Der Teichaufbau wurde dabei optimiert, um Eingriffe in den belasteten Untergrund zu vermeiden. Zusätzlich zum Hauptgewässer wurden mehrere kleine Bodenmulden angelegt, welche der Gelbbauchunke - einer weiteren seltenen Art - als Fortpflanzungsgewässer dienen. Die Aufwertung der terrestrischen Umgebung beinhaltete u.a. das Anlegen von trockenen Sandbänken, Lesesteinhaufen sowie Ast-/Holzhaufen.

Am Ufer des Bielersees beim von Rütte-Gut befinden sich archäologische Schichten von prähistorischen Pfahlbauten, welche dem UNESCO Weltkulturerbe zuzuordnen sind. Die archäologischen Schichten liegen an einer strömungsexponierten Lage im Uferbereich des Bielersees und sind starker Erosion ausgesetzt, welche bereits zu Schäden geführt hat.
Um weiteren Beschädigungen vorzubeugen wurde ein Schutzkonzept mit mehreren Massnahmen ausgearbeitet. Dabei wird die gesamte Fundstelle mit einer Schicht aus geschüttetem Kies abgedeckt. Um Auswaschungen des Untergrundes zu verhindern, werden unter der Deckschicht Kokosfasermatten verlegt, welche gleichzeitig als visuelle Trennschicht fungieren. Das strömungsexponierte Seeufer wird mit einem vorgelagerten Wellenbrecher aus massiven Blocksteinen geschützt. Landseitig des Wellenbrechers wird eine Schüttung aus feinem Wandkies eingebracht. Als ökologische Aufwertungsmassnahme werden sowohl land- wie auch seeseitig des Wellenbrechers Raubäume eingebracht, welche Jungfischen als Habitat dienen.
Speziell anspruchsvoll gestaltet sich die Bauausführung, da einerseits die Erschliessung der Baustelle nur auf dem Seeweg möglich ist und andererseits die Sohlenbelastung während den Bauarbeiten zum Schutz der archäologischen Funde auf ein Minimum reduziert werden müssen.

Als Ersatzmassnahme für die neue Nationalstrasse N5 Ostast wurden am Waldrand Längholz neue Amphibienlebensräume mit unterschiedlich grossen Teichbecken geschaffen. Zur Strukturierung der Landlebensräume wurden Steinhaufen und Totholzstrukturen eingebracht. Die neuen aquatischen Trittsteine sollen als Vernetzungskorridor zwischen dem westlich gelegenen Amphibienlaichgebiet Mettmoos und den neu geschaffenen Lebensräumen in östlicher Richtung beim Dietschibach und Orpundbach dienen. Da die neuen Teichbecken im Altlastenstandort Mettmoos liegen, wurde das Aushubmaterial gemäs Vorgaben der VVEA beprobt und entsorgt.